今天笔记本上开发再次遇到这个问题，经过确认eclipse indigo版本和ibus1.3.11确实有冲突。具体表现是eclipse里按ctrl+空格，输入法死活不出来。但ibus在其他地方确用的好好的。
解决方法是：
参照我之前的《解决Fedora14下eclipse进行android开发,ibus提示没有输入窗口的方法详解》安装fcitx，值得注意的是在“然后点系统--输入法--将fcitx选为默认输入法“这个步骤之后，重启电脑，会自动弹出这个图片：

在ubuntu下暂未发现eclipse和ibus冲突的问题，如果冲突了也可以安装fcitx解决 。参考如下：
1.解决ECLIPSE与IBUS冲突的问题---用小企鹅输入法替换默认的IBUS，方法如下：
a.安装:
在终端里输入 sudo apt-get install fcitx
b.替换系统默认的输入法：
在终端里输入
sudo im-switch -s fcitx -z default
im-switch -s fcitx -z default
c.重启